Uma auditoria realizada pelo Tribunal de Contas da União (TCU) identificou que foram pagos 65,8 mil benefícios a pessoas fora do perfil requerido pelo Programa Garantia Safra, que somaram R$ 66 milhões entre 2011 e 2013. Pessoas com vínculo com prefeituras, governos estaduais e federal, participantes que vivem fora da região de atuação da Superintendência do Desenvolvimento do Nordeste (Sudene), que recebem mais de 1,5 salário mínimo, falecidos e até vereadores, prefeitos e um vice-prefeito estão entre os beneficiários considerados fora do perfil do programa. O Garantia Safra é um benefício voltado para agricultores familiares localizados na área de atuação da Sudene: Região Nordeste do país e vales do Jequitinhonha (MG) e do Mucuri (ES), que fazem parte da área de influência do Polígono das Secas. Os ministros do TCU determinaram que o Ministério do Desenvolvimento Agrário (MDA) exclua os beneficiários que não se enquadram nos critérios de seleção, além de buscar a restituição atualizada das indenizações pagas indevidamente.